新疆交通职业技术学院总共有36个专业。
新疆交通职业技术学院专科专业有23个：
汽车电子技术、工程机械运用与维护、机电一体化技术、公路运输与管理、汽车制造与装配技术、工程测量技术、物流管理、汽车技术服务与营销、交通安全与智能控制、公路监理、机动车保险实务、铁道工程技术、道路桥梁工程技术、计算机网络技术（高速公路通信）、
建筑工程管理（公路工程）、电气化铁道技术、安全技术管理、项目管理(公路工程)、高等级公路维护与管理、工程造价、汽车运用技术、汽车检测与维修技术、汽车整形技术。
新疆交通职业技术学院其他专业有13个：公路工程质量监理与检测、汽车商务、物流、机动车保险实务、计算机网络技术、交通安全与智能控制、道路与桥梁工程施工、汽车运用与维修、汽车车身修复（汽车美容）、汽车电子技术应用、工程机械运用与维修、公路养护与管理（高等级公路）、交通运输管理。
