新疆农业职业技术学院总共有49个专业。
新疆农业职业技术学院专科专业有49个：食品营养与检测、农畜特产品加工、食品机械与管理、食品加工技术、
会计（国际方向）、会计与审计、会计与审计(纳税筹划)、营销与策划、连锁经营管理、物流管理、物联网应用技术、会展策划与管理、设施农业技术、会计与审计（中马合作办学）、生物技术及应用、农产品质量检测、广告设计与制作（
艺术类专业）、旅游英语、种子生产与经营、生物制药技术、电脑
艺术设计（艺术类专业）、商务英语、计算机应用技术、商务管理（中亚贸易方向）、畜牧兽医、药品质量检测技术、动物防疫与检疫、
建筑工程技术、信息安全技术、环境工程技术、兽医（动物医学）、工程造价、计算机网络技术、兽医（宠物保健）、城市检测与工程技术、园林工程技术、软件技术、畜牧兽医（现代马产业技术）、计算机信息管理、机电一体化技术、水利工程、动漫设计与制作、园艺技术、
汽车检测与维修技术、酒店管理（中马合作办学）、植物保护、农业机械应用技术、酒店管理、涉外旅游。
