新疆农业大学科学技术学院总共有29个专业。
新疆农业大学科学技术学院本科专业有27个：药学、计算机科学与技术、水利水电工程、食品科学与工程、土木工程、农业电气化与自动化、工程管理、生物科学、土建、英语、电子信息科学、人力资源管理、园林、旅游管理、公共事业管理、动物科学、土地资源管理、动物医学、管理科学与工程、经济学、生物科学、国际经济与贸易、经济学、电子信息科学与技术、信息管理与信息系统、环境科学、生物技术。
新疆农业大学科学技术学院其他专业有2个：机械设计制造及其自动化、中国少数民族语言文学。
