石河子大学总共有93个专业。
石河子大学本科专业有84个：历史学、动物科学、动物医学、临床医学、药学、护理学、中药学、预防医学、农业机械化及其自动化、农学、经济学、农林经济管理、口腔医学、园艺、工业工程、物流管理、统计学、植物保护、机械设计制造及其自动化、旅游管理、医学影像学、林学、信息管理与信息系统、审计学、化学工程与工艺、工商管理、农业资源与环境、思想政治教育、医学检验、园林、法学、市场营销、农业水利工程、种子科学与工程、政治学与行政学、电子信息工程、
建筑学、
会计学、教育学、计算机科学与技术、设施农业科学与工程、水利水电工程、体育教育、
财务管理、电气工程及其自动化、运动训练、国际经济与贸易、电子商务、食品质量与安全、土木工程、人力资源管理、给水排水工程、环境工程、金融学、公共事业管理、材料科学与工程、食品科学与工程、资源环境与城乡规划管理、生物技术、美术学、应用心理学、英语、应用化学、学前教育、俄语、地理信息系统、地理科学、汉语言（维语方向）、信息与计算科学、教育技术学、
艺术设计学、轻工纺织食品、科学教育、英语（商务英语方向）、数学与应用数学、应用物理学、汉语言、生物科学类（生物科学、生物技术）、物理学、化学、汉语言文学、生物科学、广播电视新闻学、音乐学。
石河子大学专科专业有6个：建筑工程技术、护理、药学、数控技术、机电一体化技术、旅游管理。
石河子大学其他专业有3个：工商管理、经济学、生物科学。
