南方医科大学总共有46个专业。
南方医科大学本科专业有45个：口腔医学本科、临床医学（医学博士学位）、公共事业管理（医院管理）、药物制剂本科、临床医学本科、临床医学（卓越创新班）本科、法医学本科、临床医学（临床心理）本科、市场营销（医药市场营销）、生物医学工程（本硕连读）本科、电子信息工程本科、法学本科、临床医学（输血医学）本科、生物医学工程（医学影像工程）本科、法学（卫生监督与管理）、生物医学工程（医学信息工程）本科、临床医学(妇幼医学)本科、生物医学工程（医学物理师）本科、药学本科、生物医学工程（医学仪器检测）本科、生物信息学本科、经济学（卫生经济）本科、临床医学（临床病理）本科、应用心理学本科、预防医学本科、中药学本科、基础医学本科、药学（药物化学）本科、中医学本科、医学影像学本科、中西医临床医学本科、中医学（针灸推拿）本科、药学（临床药学）本科、商务英语本科、康复治疗学本科、英语（医学英语）本科、护理学本科、英语（英语翻译）本科、护理学（助产）本科、生物技术本科、生物技术（生物制药）本科、中药制药本科、应用统计学（生物统计）本科、医学检验技术本科、医学实验技术本科。
南方医科大学专科专业有1个：护理专科。
