山东农业工程学院总共有46个专业。
山东农业工程学院本科专业有8个：设施农业科学与工程、机械电子工程、物联网工程、测绘工程、食品质量与安全、物流工程、土地资源管理、视觉传达设计。
山东农业工程学院专科专业有38个：食品营养与检测（中澳合作）、经济管理、食品营养与检测、市场营销、农村能源与环境技术、动漫设计与制作、物流管理、装潢
艺术设计、金融与证券、环境
艺术设计、连锁经营管理、通信技术、计算机应用技术、
会计、计算机网络技术、软件技术、会计电算化、商务英语、国际商务、食品质量与安全监管、电子商务、文秘、畜牧兽医、应用韩语、园林技术、物业管理、园艺技术、国土资源管理（专科）、植物保护、作物生产技术、房地产经营与估价、林业技术、
建筑工程管理、报关与国际货运、地籍测绘与土地管理信息技术、机电一体化技术、电气自动化技术、
汽车检测与维修技术。
