菏泽学院总共有39个专业。
菏泽学院本科专业有29个：历史学、食品科学与工程、自动化、机械电子工程、计算机科学与技术、化学工程与工艺、学前教育、汉语言文学、生物工程、小学教育、英语、网络工程、信息与计算科学、日语、农学、动物医学、资源环境与城乡规划管理、广播电视新闻学、数学与应用数学、园林、
财务管理、物理学、劳动与社会保障、物流管理、思想政治教育、化学、生物科学、电子信息科学与技术、心理学。
菏泽学院其他专业有10个：经济学、化学、机械、生物工程、广告学、工商管理、数学、制药工程、动物生物技术、特殊教育。
