南京晓庄学院总共有40个专业。
南京晓庄学院本科专业有33个：经济学、数学与应用数学、行政管理、社会工作、物理学、化学、思想政治教育、地理科学、学前教育、教育技术学、资源环境与城乡规划管理、地理信息系统、小学教育、电子信息科学与技术、应用心理学、社会体育、生物科学、生物科学类（中外）、电子信息科学类（中外）、地理科学类（中外）、历史学、计算机科学与技术、经济学类（中外）、新闻传播类（中外）、新闻传播学类（中外）、日语、汉语言文学、广播电视新闻学、音乐学、音乐表演、绘画、动画、英语。
南京晓庄学院其他专业有7个：软件工程、光电子材料与器件、物流管理、旅游管理、食品科学与工程、应用化学、环境工程。
