南京工程学院总共有65个专业。
南京工程学院本科专业有65个：包装工程、过程装备与控制工程、
建筑电气与智能化、交通设备与控制工程、电气工程及其自动化（输配电工程）、金属材料工程、建筑环境与能源应用工程、测控技术与仪器、电气工程及其自动化（电气与电子工程）、高分子材料与工程、焊接技术与工程、自动化（数控技术）、机械设计制造及其自动化（流体传动与控制）、土木工程、网络工程、自动化（机器人）、材料成型及控制工程、通信工程（电力通信）、环境工程、软件工程、机械设计制造及其自动化、工业工程、过程装备与控制工程专业、自动化、数字媒体技术、智能电网信息工程、电子信息科学与技术、材料成型及控制工程（模具设计）、土木工程（交通土建）、机械电子工程、电子信息工程、水质科学与技术、环境工程（电力环保）、建筑学、光电信息科学与工程、能源与动力工程（火电厂集控运行）、土木工程（建筑工程）、信息工程、国际经济与贸易、能源与动力工程(生产过程自动化)、车辆工程、能源与动力工程、计算机科学与技术、机械工程、信息管理与信息系统、工业设计、能源与动力工程（制冷与空调工程）、复合材料与工程、电气工程及其自动化（电力系统及其自动化）、电气工程及其自动化（电力系统继电保护）、市场营销、商务英语、
财务管理、产品设计、视觉传达设计、物流管理、环境设计、人力资源管理、动画、工程造价、劳动与社会保障、
会计学、工程管理、社会工作、英语。
