上海中医药大学中药学院总共有21个专业。
上海中医药大学中药学院本科专业有14个：中医学（运动医学方向）、针灸推拿学、中西医临床医学、中药学、药学类（中外合作办学）、中医学（基础医学方向）、中医学(临床方向)、康复治疗学（中西医结合方向）、中医学（针灸推拿英语方向）、护理学、中医学（中医方向）、营养学、中医学（骨伤科学方向）、公共事业管理（卫生管理方向）。
上海中医药大学中药学院专科专业有7个：护理类（中外合作办学）、康复治疗技术（老年管理与服务方向）、医疗美容技术（中医美容方向）、医学营养（中医营养方向）、护理（梅陇教学点）、医学营养（营养与卫生方向）（梅陇教学、中药制药技术。
