上海中医药大学总共有31个专业。
上海中医药大学本科专业有30个：中西医临床医学、护理学、药学、中医学、中医学(基础医学方向)、康复治疗学、中医学(临床方向)、中医学(针灸推拿英语班)、药学类（中外）、基础医学、中药学、中医学(中医方向)、针灸推拿学、中医学(骨伤方向)、中医学、康复治疗学(中西医结合方向男)、康复治疗学(中西医结合方向女)、药学、中药制药技术(本部)、营养学、公共事业管理、医学营养(中医营养方向)、医疗美容技术(中医美容方向)、运动人体科学、康复治疗技术(老年管理与服务方向)、护理(中外合作)、护理(中西医结合)、护理(梅陇教学分部)、医学营养(营养与卫生方向)、康复治疗学(中西医结合方向)。
上海中医药大学其他专业有1个：药学类（中外合作办学）。
