黑龙江农业工程职业学院总共有37个专业。
黑龙江农业工程职业学院专科专业有37个：物流管理（国家级示范专业）、酒店管理、电气自动化技术（省级重点建设专业）、动物医学、数控技术（国家级重点专业）、
建筑电气工程技术、
会计与审计、模具设计与制造、工程造价、机械制造与自动化、室内设计技术、工程机械运用与维护、机电一体化技术（中韩联合办学）、计算机网络技术（中兴精英班-云计算方向）、农业机械制造与装配（国家级示范专业）、
汽车电子技术、设施农业技术（国家级示范专业）、电子信息工程技术、园林技术、汽车检测与维修技术(国家级示范专业)、动漫设计与制作、汽车服务与管理、农业机械应用技术（国家级示范专业）、物联网应用技术（中兴精英班）、食品加工技术（中韩联合办学）、汽车制造与装配技术、畜牧兽医（国家级示范专业）、移动通信技术（中兴精英班）、汽车检测与维修技术（中外合作办学）、食品加工技术、生物制药技术、机电一体化技术(国家级示范专业)、工程测量技术（省级重点建设专业）、焊接技术及自动化、旅游管理、会计电算化（省级重点专业）、市场开发与营销。
