哈尔滨工程大学总共有50个专业。
哈尔滨工程大学本科专业有50个：机械设计制造及其自动化、工业设计、测控技术与仪器、核工程与核技术、自动化、船舶与海洋工程、水声工程、国际经济与贸易、材料化学 、电子信息工程（水声）、核化工与核燃料工程、金融学、飞行器设计与工程、软件工程（数字新媒体技术）、通信工程、工商管理、信息安全（保密技术）、计算机科学与技术、电子信息工程、电子商务、应用化学、探测制导与控制技术、公共事业管理、电气工程及其自动化、应用心理学、微电子科学与工程、信息对抗技术、土木工程、能源与动力工程、法学、英语、工程力学、给排水科学与工程、社会学、
建筑环境与能源应用工程、港口航道与海岸工程、软件工程、思想政治教育、产品设计、光电信息科学与工程、数学与应用数学、化学工程与工艺、飞行器质量与可靠性、材料科学与工程 、材料物理、轮机工程、经济学、飞行器动力工程、信息安全（保密管理）、物联网工程。
