吉林农业科技学院总共有60个专业。
吉林农业科技学院本科专业有48个：食品加工技术、食品营养与检测、食品生物技术、医药营销、计算机应用技术、网络系统管理、生物制药技术、生物技术及应用、水利工程、中草药栽培与鉴定、生物工程、工商管理、餐饮管理与服务、市场营销、中药学、烹饪与营养教育、农业
建筑环境与能源工程、中药、生物技术、中药资源与开发、统计学、机械制造与自动化、药物制剂、园艺、包装工程、中草药栽培技术、动植物检疫、机械设计制造及其自动化、畜牧兽医、电子信息科学与技术、植物保护、兽医、应用化学、作物生产技术、野生动物与自然保护区管理、英语、计算机科学与技术、动物医学、朝鲜语、制药工程、园林技术、植物科学与技术、特种动物养殖、食品科学与工程、食品质量与安全、动物科学、园林、植物生产。
吉林农业科技学院专科专业有5个：园艺技术、
会计电算化、物流管理、工商企业管理、商务英语。
吉林农业科技学院其他专业有7个：国际经济与贸易、水利水电工程、电气工程及其自动化、网络工程、
财务管理、动物生物技术、国际经济与贸易。
