首都医科大学总共有27个专业。
首都医科大学本科专业有18个：七年制临床医学专业、七年制临床医学专业（儿科医学专业方向）、七年制口腔医学专业、五年制本科中医学专业、五年制本科临床医学专业、五年制本科口腔医学专业、五年制本科基础医学专业、五年制本科预防医学专业、四年制本科法学专业（卫生法学专业方向）、五年制本科临床药学专业、四年制本科护理学专业、四年制本科中药学专业、四年制本科药学专业、四年制本科康复治疗学专业、四年制本科医学检验技术专业、四年制本科假肢矫形工程专业、四年制本科生物医学工程专业、四年制本科公共事业管理专业。
首都医科大学专科专业有9个：三年制临床医学专业（农村基层定向）、三年制临床医学专科（山区、半山区定向）、三年制药学专业（办学地点：燕京医学院）、三年制医学检验技术专业、三年制卫生信息管理专业、三年制口腔医学技术专业、三年制护理专业、三年制护理专业（宣武医院定向）、二年制护理专业。
